I protagonisti principali del film sono Alex, un leone, Marty, una zebra,
Gloria, un ippopotamo e Melman una giraffa ipocondriaca, quattro residenti
dello zoo di Central Park a New York. Un gruppo di pinguini, anche loro
ospiti dello zoo, tentano di scappare verso l'Antartide, ma finiscono
nel recinto di Marty, la zebra, che comincia a pensare al mondo al di
fuori delle mura dello zoo e vorrebbe scappare anche lui. Sembra che i
suoi amici siano riusciti a fargli cambiare idea, ma nella notte Marty
fugge ed Alex, Gloria e Melman vanno a cercarlo. Degli animali selvaggi
al centro di New York non passano inosservati, così vengono catturati
e spediti in una riserva naturale in Kenya. Durante il viaggio i pinguini
prendono il controllo della nave per dirigersi verso l'Antartide, ma nella
concitazione delle manovre le casse dei quattro personaggi si rovesciano
in mare e si ritroveranno poi nella spiaggia dell'isola di Madagascar.
Qui vengono accolti da un gruppo di lemuri, capitanato dall'istrionico
Re Julien, che tenta di usare i nuovi arrivati per difendersi dai fossa.
Ma nel mezzo della "Natura" si riscoprono gli instinti animali
e l'amicizia fra Marty ed Alex è messa a dura prova dalla fame
di quest'ultimo; più di una volta, infatti, il leone tenta di procurarsi
il cibo mordendo la zebra. Alla fine quando Marty si trova in una situazione
di pericolo Alex riscopre il sentimento di amicizia che aveva verso di
lui. Riusciranno poi a convivere quando scoprono che al leone piace anche
il pesce.
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