Arthur è un ragazzino di 10 anni che vive in campagna con la nonna. Aveva un nonno esploratore che al ritorno gli portava doni e gli raccontava storie di ogni genere. Il nonno scompare misteriosamente, e la nonna di Arthur gli racconta la storia di una strana tribù che il nonno aveva incontrato: i Minimei. Quest'ultimi erano in stretto contatto con il nonno del ragazzino, anche perché sarebbero raggiungibili da casa loro attraverso un portale. L'ultima volta che era stato da loro, il nonno avrebbe portato con sé un tesoro di inestimabile valore che gli era stato donato da un'altra strana tribù in ringraziamento al suo aiuto: i Bogo Matassalai. Affascinato da questa storia e desideroso di estinguere i debiti della nonna, il piccolo Arthur comincia a cercare il portale e lo trova seguendo vari indizi nascosti in casa e con l'aiuto dei Bogo Matassalai, comparsi lì misteriosamente. Il portale rimpicciolisce Arthur e lo trasforma in un minuscolo folletto dai capelli bianchi. Incontra i Minimei e scopre che stavano proprio davanti casa loro e che sono alti due millimetri e mezzo. Viene a sapere che il nonno è stato rapito da "M" il Malvagio (Maltazar) e che aveva con sé il tesoro quando è scomparso. Incomincia così un lungo viaggio (attraverso il suo stesso giardino) insieme a due amici: la principessa Selenia e il suo fratellino Bétamèche.