In un villaggio africano dove sono rimasti solo vecchi, donne e bambini, nasce Kirikù, un bambino prodigioso, che si toglie da solo il cordone ombelicale della madre e fin dai primi istanti di vita è totalmente autonomo, in grado di parlare, di camminare, di lavarsi e di badare a sé stesso. Kirikù viene presto a sapere dalla madre che il villaggio è vessato dalla strega Karabà, che ha sottratto l'acqua dalla fonte del paese ed ha ucciso e sbranato tutti gli uomini del villaggio, che hanno tentato di affrontarla. Kirikù decide allora di combattere la strega. Tra l'incredulità e la diffidenza generale, al contrario della fiducia, peraltro meritata, della mamma, il piccolo eroe riesce a sventare i piani della strega, restituendo l'acqua alla tribù, dopo aver compreso che la fonte era ostruita da un enorme animale che la beveva tutta, diventato gigante dopo che si era introdotto nella fonte per bere quando era piccolo, e liberando le persone che la donna rapisce. Nelle sue imprese Kirikù è assillato da un dubbio a cui nessuno sa dare una soluzione: il motivo per cui la strega sia così cattiva. Per trovare la risposta deve recarsi dal Saggio della Montagna, suo nonno, evitando il controllo dei feticci di Karabà, e per farlo deve scavarsi una galleria sotto la casa usando il pugnale di suo padre. Quando, superati numerosi ostacoli, si trova alla presenza del nonno, egli gli svela il mistero: Karabà soffre a causa di una spina avvelenata che le è stata conficcata nella schiena, che non riesce a togliere e non vuole togliere, perché ritiene che togliendola perderebbe i poteri magici e proverebbe nuovamente il dolore atroce che ha già patito una volta. Kirikù, tuttavia, è deciso a liberarla e lo farà; in cambio otterrà di crescere anche fisicamente - dopo che è nato già mentalmente adulto - e sposerà Karabà; la donna peraltro, senza più la spina, ha cessato di soffrire, per cui è diventata buona e gentile, ha mantenuto alcuni poteri e ha liberato gli uomini del villaggio, che in realtà non mangiava né uccideva ma semplicemente tramutava in feticci.